济宁市皮肤病防治院始建于1928年（当时为圣诺瑟癞病院），建筑面积615平方米，收治皮肤病患者。1956年9月隶属山东省卫生厅，更名为山东省大桥医院，编制病床150张。1957年新建诊断室，治疗室、手术室、化验室，病房、职工宿舍共1067.12平方米。

1984年12月30日，收归济宁市人民政府管理，更名为济宁市皮肤病防治院，隶属济宁市卫生局领导，承担全市的皮肤病防治任务。到1989年，济宁市卫生局拨专款扩建该院，编制病床60张。行政科室设院长办公室、医务科，社防科、门诊部、总务科和病区，门诊科室设有皮肤科普通门诊、皮肤科专家门诊、男性科门诊，女性科门诊、性咨询门诊、化验室，病理室、变态反应室、理疗美容室，病房。

1990年本院扩建综合办公楼880平方米。1991年成立济宁市性病防治研究所挂靠于济宁市皮肤病防治院，承担全市性病防治任务。