昆明医科大学口腔医学院前身为昆明医学院口腔系，是国内较早培养口腔医学本科生的医学院校之一。 昆明医科大学口腔医学院、昆明医科大学附属口腔医院和云南省口腔医院实行“三块牌子一套班子”的管理体制，是云南省口腔医学教学、科研、医疗和预防保健中心。

口腔医学专业为专业级特色专业，口腔临床医学为云南省重点学科，学院从1979年秋正式招收口腔医学专业五年制本科，1986年开始招收硕士研究生，2003年获一级学科硕士学位授权点。2013年通过教育部专业认证，2020年获专业级一流专业。2021年获口腔医学专业一级学科博士学位授权点、专业博士学位授权点。2022年列入云南省一流建设学科支持建设学科中的特色学科，同时入选省级重点支持建设学科。云南省高等学校本科专业综合评价为B级（国内一流），2022年获省级A类专业建设点。2022年7月获批云南省口腔医学国外科技合作基地。

目前，口腔医学院已建成了包含五年制本科生、硕士研究生、博士研究生、留学生及继续教育在内的多层次人才培养体系，形成了具有自身特色的人才培养模式。建院40多年来，学院敦医促学，共为社会培养2000多名毕业生。近五年来，口腔医学专业第一志愿录取率均为100%，招生录取平均分持续超过一本分数线90分，规培生首考通过率超过90%。

目前在院全日制本科生601人、研究生176人、博士生28人，港澳台学生12人，留学生2人。创办至今，共培养各层次、各类毕业生2000余人。近三年毕业生去向落实率超过80%。

医院持续开展专科联盟和医联体建设，是“国家口腔疾病临床医学研究中心”成员单位，从2008年起先后加入上海交通大学医学院附属第九人民医院牙颌面畸形诊治专科联盟、牙周病诊治专科联盟、牙体牙髓疑难疾病诊治专科联盟、口腔正畸专科联盟、口腔修复专科联盟；与四川大学华西口腔医院、重庆医科大学附属口腔医院签订专科联盟协议，促进医院在西部地区进行口腔疾病临床医学研究及应用推广，为西南口腔患者跨区域联合诊疗、区域转诊搭建高速有效的绿色通道。