南京东南眼科医院创建于2002年，是苏皖地区较早经省卫生厅批准设立的眼科专科医院，是一所集大型现代化眼科医疗机构，更是“国内重点眼科医院”，医疗设备专业、专科特色明显，凝聚了一批致力于眼科事业的高端人才，形成老中青相结合的眼科人才梯队，引进美国、德国、法国、日本等专业的眼科诊疗设备。

南京东南眼科医院设有近视眼诊疗中心，白内障诊疗中心、斜弱视诊疗中心、医学验光配镜诊疗中心、眼底病诊疗中心、玻璃体视网膜专科，青光眼专科、眼外伤急救专科、美容整形专科、角膜病及眼表疾病专科等10个特色专科；并设置了放射科、检验科、手术室、麻醉科、病理科、药房、供应室、A/B超声室、超声波室、激光室、眼底荧光血管造影室、病案统计室及图书室等重点科室。

此外南京东南眼科医院引进开展各种眼科前沿技术和微创治疗，其中全激光飞秒和准分子激光近视、飞秒激光超声乳化治疗白内障、微创玻璃体切割手术治疗眼外伤和玻璃体视网膜病、眼视光学医学验光配镜等多项技术处于目前眼科领域的前沿，具有眼科精细化、设备现代化、服务人性化、价格平民化的专科特色。